توفى صباح اليوم الخميس هيثم أحمد زكي عن عمر الـ35 عام بعدما بلغت خطيبته الشرطة بسبب عدم الرد عليها لمدة يوم كامل، ووجدته قوات الأمن بعد كسر باب شقته ملقى على الأرض فقامت بترحيله على أحد المستشفيات الخاصة بمدينة السادس من أكتوبر، والتي أبلغتهم بالوفاة نتيجة هبوط حاد في الدورة الدموية، وأمر بعدها وكيل النيابة بترحيل جثمانه إلى مشرحة زينهم حتى يخلي مسؤوليته ويسير بالطرق القانونية،
وقال مصدر لـ"ET" أن سبب كتابة في تصريح الدفن بخانة سبب الوفاة قيد البحث أنهم كانوا حددوا وقت للجنازة بعد صلاة الظهر مما جعل أشرف زكي يستعجل الأوراق حتي يتم دفنه، وأن شهادة الوفاة سيتم إستخراجها بعد 5 أيام من الوفاة بعد الإنتهاء من كل الإجراءات القانونية.
وعن تشريح جثمان هيثم داخل مشرحة زينهم، فأكد المصدر لـ"ET" أنهم لم يقوموا بتشريح الجثمان بل إكتفوا بالكشف عليه فقط وأخذ منه بعض العينات من دمه، وعن تأخير وصول الجثمان للصلاة عليه بالرغم من إستخراج التصاريح، فقال المصدر أنه بسبب إجراءات تغسيل الجثمان لأن أحمد عبد الله محمود أصر على غسله بماء زمزم أحضره معه، وأن فيفي عبده تبرعت بالكفن.
ونفى أشرف زكي خلال الجنازة الأقاويل المنتشرة بسبب الوفاة، وقال أن سبب تأخير الجثمان هو عدم وجود أقارب لهيثم لتقديم الضمانات اللازمة لخروج الجثمان، ولكن بعد التواصل مع النائب العام تم تسهيل كافة الإجراءات وقام بخروج الجثمان على ضمانته، وشهدت الجنازة حضور عدد من الفنانين من الوسط الفني من بينهم محمد هنيدي، أمينة خليل، درة، زينة، دينا الشربيني، أيتن عامر، علي بدرخان، إلهام شاهين، محمد إمام، أحمد شوبير، بسمة، بوسي شلبي، عمرو عرفة، خالد سرحان، محمد لطفي، دلال عبد العزيز، فيفي عبده، أحمد عبد الله محمود وناهد السباعي التي دخلت في نوبة من البكاء الشديد طوال الجنازة، ودفن هيثم في مقابر والده بطريق الفيوم بجوار والده وممدوح وافي صديق والده.