تدور أحداث الفيلم بعد مرور 3 سنوات على مواجهتهما السابقة، حيث يضطر غودزيلا وكونغ إلى تنحية خلافاتهما والاتحاد مجدداً لمواجهة تهديد غامض وهائل ينبعث من أعماق الأرض. هذا التهديد يقوده القرد العملاق المستبد "سكار كينغ"  والتنين الجليدي "شيمو"، واللذان لا يهددان بقاء الوحوش فحسب، بل يهددان البشرية والعالم بأسره بالفناء، مما يكشف المزيد من أسرار ماضي هذه الكائنات وجزيرة الجمجمة.