انتقادات كثيرة واجهت إبراهيم عيسى من قبل رواد السوشيال ميديا، وذلك بعد حديثه في برنامج "حديث القاهرة" عن "معراج الرسول" مشيراً إلى أنها قصة وهمية إختلقها السلفيون، والذي قوبل بهجوم كبير حيث طالب العديد بإيقافه عن الظهور الإعلامي.
كما أن ردود الفعل على ما قاله إبراهيم عيسى تضمنت النجوم ومن بينهم مصطفى درويش الذي اعتذر عن فيلم "الملحد" الذي يشارك فيه ويقوم بتأليفه إبراهيم عيسى، وكتب مصطفى درويش على الفيسبوك: "قررت انا مصطفي درويش بمقاطعه اي برنامج لابراهيم عيسي والاعتذار عن فيلم الملحد اللي صورت فيه اربع ايام بسبب ان مؤلف القصه هو ابراهيم عيسي لان واضح ان الحرب دي ممنهجه وانا مقبلش ابدا اكون اداه للحرب ضد ديني ولو الثمن هيكون ايه اسف جدا وبعتذر لكل فريق العمل مش هاكمل في القرف ده ملحوظه : فيلم الملحد قصه مافيهاش اي حاجه تشجيع علي الالحاد علشان بس احترام لصناع العمل وابطاله ".
تامر عبد المنعم أيضاً شارك برسالة عبر الفيسبوك قال فيها : "لو التصريح ده حقيقي يبقي ابو خليل بيضرب الصلاة في مقتل وبالتالي بيضرب في الدين الاسلامي وبالتالي يبقي انتحر .. فيه ثوابت يا استاذ ابراهيم ما ينفعش معاها فذلكة اللي عاملين مثقفين ومستنيرين الله يهديك".
ورد الأزهر الشريف على تصريحات إبراهيم عيسى في بيان رسمي له : "معجزة الإسراء والمعراج من مُعجزات سيدنا رسول الله صلى الله عليه وسلم المُتواترة، الثَّابتة بنصِّ القرآن الكريم في سُورتي «الإسراء» و«النَّجم»، وبأحاديث السُّنة النَّبوية المُطهّرة في الصّحيحين والسُّنن والمسانيد ودواوين ومصنَّفات السُّنة، والتي انعقد على ثبوت أدلّتها ووقوع أحداثها إجماعُ المُسلمين في كلِّ العُصور، بما لا يَدع مجالًا لتشكيك طاعِن، أو تحريف مُرجِف وكلُّ ما ورد في القُرآن الكريم وسنّة سيّدنا النّبي صلى الله عليه وسلم الثّابتة من المُسلّمات التي لا يُقبل الخوض فيها مُطلقًا، ولا يُقبل تفصيل أحكامها وبيان فِقهها من غير المُتخصّصين؛ سيّما إذا كانوا من مُروجِي الأفكار والتَّوجُّهات المُتطرّفة، التي تفتعل الأزمات، وتُثير الفِتن، وتفتقر إلى أبسط معايير العلم والمِهنيّة والمِصداقيّة، وتستثمر الأحداث والمُناسبات في النَّيل من المُقدَّسات الدّينيّة، والطّعن في الثّوابت الإسلاميّة بصورة مُتكرِّرة مُمنهجة".
وعلق مصطفى درويش على بيان الأزهر الشريف وكتب على الفيسبوك: "الازهر قال كلمته ونصر الحق ممكن مسمعش صوت معارض لو سمحتم لان احنا مرجعيتنا للازهر وانا ولا شيخ ولا حاجه انا لسه باديء انتظم في الصلاه من قريب وكان بعد مشكله حصلتلي فا قربت من ربنا واعتذاري عن الفيلم جيلي في اصعب ظروف محدش عارف عنها حاجه محتاج ماديات فعلا ومحتاج شغل لاني لسه في اول الطريق فا اكيد اعتذاري عنه كان علي عيني بس ديني اهم وانا لا غلط في الاستاذ ابراهيم ولا غلط في حد انا بس اخدت قرار ادافع عن الصلاه اللي بصليها والاسلام اللي هو ديني ودين امتي ولو كان الاستاذ غلط في اي ديانه مسيحيه او غيرها كان هيبقي نفس موقفي انا مسلم مؤمن بكل الرسل والديانات السماويه ومقبلش حد يشكك في الكتب السماويه واسكت نقفل الموضوع ده علشان اخد اكبر من حجمه".
وعن المجلس الأعلى للإعلام فأخرج بيان قال فيه: "أكد المجلس الأعلى لتنظيم الإعلام أن لجان الرصد بالمجلس بصدد إعداد تقرير بشأن ما أثير في برنامج "حديث القاهرة" الذي يقدمه الأستاذ إبراهيم عيسى، تمهيداً للعرض على المجلس على الفور، لاتخاذ الإجراء القانوني حال وجود مخالفة للأكواد الإعلامية التي أصدرها المجلس، وطلب المجلس الابتعاد عن القضايا التي تثير فتنة في المجتمع حيث ينص كود المحتوى الديني على احترام الأديان السماوية وتعاليمها، وإبراز القيم الدينية فوق كل القيم الأخرى".
