تدور أحداث القصة في دولة "أمستريس" الخيالية حيث تُعتبر "الخيمياء" أو الكيمياء القديمة علماً طبيعياً يخضع لقانون صارم وهو "التبادل المتكافئ"،يرتكب الشقيقان إدوارد وألفونس إلريك المحظور عندما يحاولان استخدام الخيمياء البشرية لإعادة والدتهما المتوفية إلى الحياة. تفشل المحاولة بشكل كارثي؛ فيفقد إدوارد ساقه اليسرى وذراعه اليمنى، بينما يفقد ألفونس جسده بالكامل، مما يضطر إدوارد لربط روح شقيقه داخل درع حديدي ضخم. ومن أجل استعادة أجسادهما المفقودة، يدخل إدوارد الجيش ليصبح "خيميائي حكومي"، ويبدأ الشقيقان رحلة ملحمية للبحث عن "حجر الفلاسفة" الأسطوري الذي يكسر قوانين الخيمياء، ليتورطا في مؤامرة قومية مرعبة تهدد البلاد بأكملها.