تدور القصة حول سينشي كودو، وهو طالب في المدرسة الثانوية ومحقق بارع جداً يساعد الشرطة في حل القضايا المعقدة. في أحد الأيام، أثناء تتبعه لرجال مشبوهين يرتدون ملابس سوداء، يتم الغدر به وإجباره على تناول عقار سام وتجريبي يُدعى (APTX4869). بدلاً من أن يموت، يتسبب العقار في تقلص جسده ليصبح في هيئة طفل في السابعة من عمره، لكي يحمي نفسه ومن حوله من "المنظمة السوداء"، يتبنى اسماً مستعاراً هو كونان إيدوجاوا ويعيش مع صديقة طفولته ران موري ووالدها المحقق الفاشل توغو موري. ويبدأ كونان باستخدام أدوات اخترعها له الدكتور أغاسا لحل القضايا سراً ونسبها لتوغو موري، ليصنع منه محققاً مشهوراً، بينما يبحث في نفس الوقت عن خيط يوصله للمنظمة السوداء لاستعادة جسده الطبيعي.