تبدأ قصة The Institute - المعهد عندما يستيقظ لوك إليس، فتى عبقري يبلغ من العمر 14 عامًا، في مكان غامض أشبه بالمؤسسة السرية، بعد أن تم اختطافه بطريقة غريبة من منزله في منتصف الليل. يجد نفسه بين مجموعة من الأطفال الذين شاركوه نفس المصير، جميعهم يمتلكون قدرات عقلية خارقة لا يعرفون كيف أو لماذا تم جمعهم هناك.