تبدأ أحداث هذا الجزء بعد مرور سنتين ونصف من التدريب المكثف لناروتو أوزوماكي مع معلمه جيرايا. يعود ناروتو إلى قرية "كونوها" وهو أكثر نضجاً وقوة، ليدرك أن الخطر قد تضاعف؛ حيث تبدأ المنظمة الإجرامية الغامضة "الأكاتسكي" في التحرّك بجدية لجمع وحوش البيجو التسعة ومن ضمنها وحش الكيوبي داخل ناروتو. في الوقت نفسه، يستمر ناروتو في سعيه المستميت لإنقاذ صديقه ساسكي أوتشيها وإعادته للقرية بعد أن سلك طريق الانتقام والظلام رفقة أوروتشيمارو. تتصاعد الأحداث وصولاً إلى حرب النينجا العظمى الرابعة.