تدور أحداث القصة في عالم النينجا حول الفتى اليتيم ناروتو أوزوماكي الذي عانى من العزلة والرفض من قِبل أهل قريته (قرية الورق المخفية "كونوها")؛ بسبب حقيقة أنه يحمل في داخله وحش "الثعلب ذو الذيول التسعة" الذي دمر القرية سابقاً. يطمح ناروتو إلى لفت الأنظار وإثبات نفسه للجميع عبر تحقيق حلمه الأكبر بأن يصبح الـ "هوكاغي" (وهو لقب قائد القرية وأقوى نينجا فيها). ينضم ناروتو إلى "الفريق السابع" برفقة منافسه ساسكي أوتشيها وزميلته ساكورا هارونو تحت إشراف المعلم كاكاشي هاتاكي ويبدأون معاً خوض مهمات نينجا خطيرة.