تدور أحداث مسلسل الكابتن في إطار كوميدي، حسام والي كابتن طيارة، يرتكب خطأ غير مقصود يتسبب في إحداث خلل تسقط على إثره الطائرة، ليتفاجأ بعدها بأن هناك أرواح بعض الركاب تظهر له وتطلب منه باعتباره الناجي الوحيد المُساعدة في إتمام بعض المهام العالقة الخاصة بهم، لأن أرواحهم مُعلقة ولابد من إتمامها.