تدور أحداث مسلسل ضمير مستتر حول الصراع المعقّد الذي تعيشه المرأة بين مسؤوليات الأسرة وضغوط الحياة المهنية، من خلال شخصية نائبة في مجلس الأمة تجد نفسها في مواجهة تحديات متصاعدة، وتتورط البطلة في قضية خطيرة ترتبط بخلية إرهابية، ما يضعها أمام اختبارات صعبة بين واجبها السياسي وحياتها الشخصية، ويكشف عن شبكة من الأسرار التي تهدد استقرارها ومستقبلها.